在食品生产加工中影响其质量的因素很多，其中很重要的因素是来自各种污染。说起食品的消毒，可能各种规范文件、体系文件是面面俱到，但食品加工设备的消毒却很少关注，使得加工设备对食品之间的交叉感染日益严重。防控食品加工设备自身的污染，是保障食品卫生安全的重要措施之一。
从上可知，食品加工设备是影响食品质量的一个重要因素。食品加工设备的污染包含两层意思，第一：加工设备自身不对食品产生污染，也不会对环境产生污染，但存在较大的安全隐患；第二：不但对食品产生污染，并会污染操作人员，形成双重的二次交叉感染。为此，为防止在生产过程对食品可能造成的各种污染，以及可能影响环境和对人体健康的危害等因素，食品加工设备的设计一定要符合gmp的要求，减少污染因素，并对污染要有好的防控。同时，食品设备制造企业应该为食品加工企业，提供可防控或易防控污染的优质产品，如上海康久消毒技术有限公司早在2008年，就将此理念用于自动感应手消毒器、自动感应高速干手机的设计，使得该设备更符合食品企业使用。
据nicoler实验室的消毒专家介绍，若需防控食品加工设备对食品原料的污染，先要提升食品加工设备制造厂家的设计理念，其具体内容如下：(1)设备的设计应符合食品生产及工艺的要求，安全、稳定、可靠、易于清洗、消毒或灭菌，便于生产操作和维修保养，并能防止差错和交叉污染；(2)应严格控制设备的材质选择，与食品半成品或成品直接接触的零部件应采用无毒、无腐蚀、不与食品发生化学反应、不释放微粒或吸附食品的材质；(3)与食物直接接触的设备内表面及工作零件表面，尽可能不设计台、沟、及外露的螺栓连接，表面应平整、光滑、无死角，易清洗、消毒；(4)设备应不对装置之外的环境造成污染，鉴于每类设备所产生的污染的情况不同，应采取相关的防尘、防漏、隔热、防噪声等措施；(5)在易燃易爆环境中使用的设备，应采用防爆电器并设有消除静电及安全保险装置；(6)对与生产操作无直接关系的机构，应尽可能设计内置、内藏式。如传动等部分设计成内置式；(7)与食物接触部分的构件，均应具有不附着物料的低粗糙度值的表面，抛光处理是有效的工艺手段，抛光的物件主要是不锈钢板材、铸件、焊件等，且抛光的外部轮廓应力求简洁、抛光到位，便于清洗；(8)设备设计应符合标准化、通用化、系列化和机电一体化的要求，实现生产过程中，操作人员更快、更容易的操作，减少生产过程中的操作错误。
除此以外，食品加工设备的使用者及维保人员，要做好对各类加工设备的分门别类的保养，学习设备在功能、外观结构、材料选择、设备验证方面的各种知识。要保证食品设备不被二次污染，有如下的途径：
1.在工艺上使用气体的设备尤其是气体与食品或直接与食品包装材料接触的设备，气体需要经终端过滤除菌处理；
2.洗瓶或其他食包材清洗设备，应考虑到工艺用水的洁净度，一般使用已消毒自来水或纯化水，如洗瓶机、胶塞清洗等设备的用水；
3.生产中产生粉尘的设备应设置除尘机或捕尘机构，如粉碎机、制粒机、压片机等；
4.在洁净室或安装食品动态消毒机的受控场所，通过净化空调或通风系统对各功能间净化并保持相对的压差，可防止粉尘扩散，防止交叉污染。
在食品生产中，设备的清洗和灭菌是驱除微生物污染的主要手段，对所有设备、管道及容器等按规定必须彻底清洗和灭菌，以消除活性成分及其衍生物、辅料、清洁剂、润滑剂、环境污染物质的交叉污染，消除冲洗水残留异物及设备运行过程中释放出的异物和不溶性微粒，降低或消除微生物及热原对食品的污染。
其他灭菌方法也值得关注。如：(1)利用aorodo新臭氧灭菌技术对洁净区空气灭菌，能杀死多种致病微生物，有较广的扩散性，无死角，不存在任何有毒残留物，没有二次污染，具有良好的环保性；（2）对从业人员手部采用ncl-q8自动感应手消毒器杀菌，因上班前手部消毒不彻底或上班过程中未重复消毒，除了二次污染食品外，并会二次污染食品加工设备，最后叠加交叉污染食品，导致食品不合格；(3)纯化水出口应设置灭菌装置，保证纯化水的出口质量；(4)缓冲室安装食品动态消毒机，防止对进入洁净区的工具、物料、包材等被空气中细菌二次污染。