中央空调冷却水系统由冷凝器、冷却塔、水泵、管道、阀门、过滤器等组成冷却水系统，它的作用是将制冷系统中的热量排放到大气中。中央空调系统中的冷凝器在水侧会逐渐形成一层水垢。冷凝器使用时间越长，水质越硬，其水垢厚度就越厚。因水垢导热系数小，影响冷凝器传热效果，导致冷冻机制冷效果差。因此，必须采取相应的措施去除冷凝器水侧的水垢技术难题。去除冷凝器水侧的水垢传统方法有人工洗刷，机械的和化学清洗。近几年有些商场中央空调冷却水系统安装电子水处理仪后因该仪器本身的工作原理决定无法去除水中杂质只有通过排污达到防垢除垢的目的，而空调操作人员往往忽略这一点。安装了电子水处理仪则无需排污这是错误的理解。其每一种方法都有不足之处。这就会出现只有当冷凝器水侧的水垢影响到整个制冷系统正常工作之后才会清洗冷凝器的水垢。新一代水处理仪具有测量水温和水中总固体溶解度，然后自动调整仪器的运行参数。但排污工作仍不可忽视。
军团病感染及其对策：1976年在美国费城发现军团病。1981年在南京发现首例军团病例。军团病菌的生存条件是：当水温在25℃——42℃（其中水温37℃繁殖最快），水体滞流，水中含有大量的水垢、沉淀物、微生物膜及变形虫等会迅速繁殖并可能达到威胁人体健康。
中央空调设备中的冷却水系统给军团病菌的生存和繁殖提供了有利条件：其一，冷却水温在31℃—35℃；其二，大量的空气经冷却水的洗涤，灰尘、有机物和微生物及其残骸在冷却水系统中堆积，这些物质为军团病菌的繁殖提供营养来源。这样对冷却塔及管道的清洁工作可减少军团病菌生长所需养料。
预防军团病有效措施：
1、定期在冷却塔循环水中投放消毒杀菌剂和灭藻剂，微生物杀灭剂对军团菌抑制与杀灭均有极佳效果，解决冷却水塔因日照，长满青苔而造成污塞之困扰。每周添加一次。
2、定期清洗冷却水盘和蓄水池，清除水中微生物藉以作为营养源的腐败杂物从而减少微生物的繁殖，建议一年清洗1—2次，可用彩码除垢剂钙尔西康进行清洗，快速方便。
3、定期检查水质，根据水质情况决定换水的时间。
4、保证一定量的补充水，以降低冷却水蒸发浓缩的程度。
冷媒水系统的用水一般都采用自来水，水在系统中不与空气接触，不受阳光照射，水质不易变坏。水质变坏时，其主要原因也不是结垢，而是腐蚀。这些腐蚀是由于补充水带入的氧气，各种不同金属材料引起的电偶腐蚀以及厌氧微生物的生长所引起。腐蚀所形成的污泥，也会造成水质变坏、管路堵塞，尤其是风机盘管水过滤器容易堵塞，影响制冷效果，时间一长还会产生泄漏。