为防止药液或物料在设备、管道内滞留而造成微生物滋长，设备内壁应光滑，无死角，管道设计要减少支管、管件、阀门和肓管。同时，对需要清洗、灭菌的零部件应易于拆装，不便拆装的要设清洗口，且无菌室的设备、管道应满足灭菌需要。管道连接也要考虑拆洗方便，但不宜采用丝口连接，以避免物料在丝口处沉积，若采用法兰连接时宜使用不易积液的对接法兰、活套法兰。
输送纯水、注射用水的管道应保持循环，宜采用环形干线，支管宜设回流管路，以便不用时注射用水可回流至主干管，防止水在支管内滞留而滋生细菌。
在设计药厂给排水系统时，应遵循以下基本要求
(1)厂房内的给水排水干管应布置在技术夹层、技术竖井、地沟管槽内，引入无尘室的支管宜暗敷，且给水排水管道穿过无尘室顶棚、墙壁、楼板处应采取可靠的密封措施。
(2)建筑物内各种给水管道宜竖向布置，在靠近用水设备附近横向引入，给排水和气体管道穿过无尘室的吊顶、墙壁和楼板时，应设套管。套管内管道不得有焊缝和丝扣，管子与套管之间必须用不起尘的密封材料封闭。纯水、注射用水管道采用不锈钢管时，
安装应符合下列要求：
(1)管道连接宜采用焊接，焊环活套法兰和凹凸法兰；
(2)焊接应采用钨极氩弧焊打底、手工电焊盖面工艺；
(3)管道、翻边管、三通、弯头等焊接时，管内应充氩气保护，使焊缝表面光滑无氧化现象；
(4)管道部件的点固焊应与焊接相同，必须采取措施，防止焊缝氧化；
(5)管道部件焊接后，应将管内焊缝氧化物清刷冲洗掉，再用四氯化碳脱脂，然后封闭管口；
(6)设计无尘要求时，法兰垫片宜采用聚四氟乙烯或软质聚氯乙烯板